Su planta presenta la estructura típica del románico de esta zona. Del estilo original, románico del siglo XIII, se conservan la cabecera y gran parte de la torre, el resto del edificio es barroco del siglo XVIII1.2
La nave , rectangular de dos tramos fue modificada en el siglo XVIII; la iglesia inicialmente debía disponer de galería porticada, que posiblemente fue incorporada a la nave central durante la reforma del s. XVIII.1
El ábside (3) está formado por presbiterio con tramo recto, hemiciclo de cabecera plana y torre defensiva (4) de poca altura con machones superpuesta, rematada por una cubierta elevada a cuatro aguas; posteriormente se incorporó la sacristía (5) en la fachada sur.
En el ábside, destacan:
•    su interesante ventana aspillada con dos arcos de medio punto, el interior apoyado en columnas con interesantes capiteles y el exterior sobre jambas.2
•    la gran cantidad y variedad de marcas de cantero.
El acceso al templo se efectúa por el pórtico (1) sur.
Interiormente el templo se cubre con bóveda de medio cañón apuntado, destacando el retablo barroco del altar mayor.
El arco triunfal, de medio punto en el lado de la nave, apoya en columnas de capiteles lisos; en el presbiterio, arcos de medio punto sobre columnas con capiteles de motivos vegetales dan paso a la sacristía y la escalera de subida a la torre.
En el segundo tramo de la nave de la epístola se halla la pila bautismal.
Capiteles
 
Capitel reutilizado.
 
Capitel reutilizado.
La barbacana que delimita el recinto sagrado incorpora actualmente dos capiteles reaprovechados, el izquierdo, muy deteriorado, no permite reconocer el motivo representado; el derecho muestra un personaje que lleva atadas dos parejas de animales con cabeza humana, sobre un fondo con motivos vegetales.

La moderna ermita de Nuestra Sra. del Río, patrona del pueblo, ubicada en el casco urbano, presenta elementos románicos entre los que destacan tres canecillos de la fachada este, reaprovechados posiblemente de las ruinas de las ermitas de Abajo, San Martín o de Arriba, San Pedro, conocidas como las Ermitonas.

El conjunto arquitectónico denominado tradicionalmente las Ermitonas y los San Pedros, formado por las Ermitonas, los San Martines y los San Pedros,  constituye el elemento más importante del patrimonio cultural arquitectónico de San Miguel de Bernuy. Representa la vinculación que han tenido los asentamientos urbanos con el paraje donde se ubican, especialmente en los siglos X y XI, al variar la frontera entre las tierras cristianas y musulmanas, con la consiguiente repoblación que implicaba el establecimiento de comunidades eclesiásticas.
Envolviendo la nave de la ermita se conservan restos por su lado sur, de una importante galería fortificada, de una posible línea almenada en una segunda línea exterior, y de dos paños de lo que fue una torre de defensa. En general, el conjunto de las edificaciones se adapta a la orografía, y la datación de todos estos restos sitúan a las construcciones iniciales en el siglo IX, y una segunda fase de ampliación en el siglo XI. A lo largo del tiempo, estas edificaciones han sido objeto de continuo expolio, principalmente al haberse utilizado como cantera para obtención de elementos de mampostería a emplear en las construcciones del cercano núcleo urbano de San Miguel de Bernuy.
 

Se encuentra por el camino Cobos o la calle puente, es un puente similar a los puentes que se encuentran en Fuentidueña o en Laguna de Contreras, tiene 3 arcos de medio punto. Se dice que por este lugar paso Isabel la Católica en su viaje a Burgos para arreglar su boda con Fernando de Aragón.